Tranh cãi kéo dài, dự án bị đình trệ hơn bình thường, phản ứng trái chiều của dư luận và tính thương mại thấp của chương trình khiến toàn bộ ê-kíp cảm thấy mệt mỏi. Gần như ngay lập tức, họ tuyên bố chia tay phần tiếp theo của dự án để theo đuổi những kế hoạch cá nhân riêng. Theo hợp đồng với các nhà tài trợ, dự án buộc phải diễn xuyên Việt, tuy nhiên họ mới chỉ thực hiện được 2 buổi diễn tại Hà Nội, vì vậy Ngọc Đại buộc phải tìm ê-kíp mới để hoàn tất những ràng buộc[15].

Dù vô cùng hào hứng và ủng hộ nhạc sĩ Ngọc Đại, Trần Thu Hà cũng phải thông báo ngừng sản xuất và cộng tác với ông. Sau dự án, cô theo học bằng Thạc sĩ tại Hà Nội, xen kẽ với những chương trình biểu diễn trên khắp cả nước[35]. Thành công của Nhật thực giúp cô có được tiếng vang trong và ngoài nước, và việc gặp gỡ sau đó với người chồng tương lai – nhà sản xuất âm nhạc Việt kiều Ben Doan – đã khiến cô sớm định hình được con đường sự nghiệp cũng như cuộc sống sau này tại nước ngoài.

Chỉ duy nhất Đỗ Bảo cùng ban nhạc Sao Mai là những nghệ sĩ tiếp tục đi cùng Ngọc Đại trong dự án Nhật thực 2[33] mà ông thực hiện vào giữa năm 2003[56]. Tuy nhiên, chính họ cũng không thể theo đuổi lâu dài khi dừng lại vào giữa năm 2004, đặc biệt đó cũng là lúc Đỗ Bảo bắt đầu hoàn tất kế hoạch thu âm và sản xuất album phòng thu đầu tay Cánh cung, ra mắt vào tháng 9 cùng năm[57].

Chương trình Nhật thực 2 xuyên Việt chính thức được ra mắt với 2 buổi diễn ngày 20 và 21 tháng 5 tại Hà Nội và kéo dài tới hết tháng 11 năm 2004. Chương trình tổng hợp các sáng tác khác của Ngọc Đại phổ nhạc các bài thơ của Ly Hoàng Ly, Giáng Vân, Lan Vinh,... Các ca sĩ Thanh Lam, Khánh Linh, Tùng Dương và nhóm 5 Dòng Kẻ là những nghệ sĩ tham gia trình diễn trực tiếp[58]. Phản ứng của dư luận là khá rụt rè và chương trình không có được thành công như mong đợi[59]. Album Nhật thực 2 được sản xuất bởi nhạc sĩ Quốc Bảo và ra mắt vào ngày 24 tháng 12 năm 2004 với 11 ca khúc, trình bày bởi 2 ca sĩ trẻ Khánh Linh và Tùng Dương[60].

Tháng 6 năm 2005, một chương trình tổng hợp có tên Nhật thực toàn phần được Ngọc Đại đứng ra tổ chức tại Nhà hát Lớn Hà Nội, biên tập lại toàn bộ nội dung của 2 sản phẩm Nhật thực 1 và Nhật thực 2[61].